تاریخچه شهر آق قلا نیز از لحاظ وقایعی که در حول و حوش آن شهر و برای مردم دور و بر آن اتفاق افتاده است قابل تنظیم است. آق قلا با زندگی ترکمن های ایران و بخصوص ایل قاجار تحولات و تغییرات تاریخی خود را گذرانده است . شاه صفوی در سال 996 قاجاریان را به 3دسته تقسیم کرد و هریک را در 3منطقه مرو ،کنجه و ایروان و همچنین رود گرگان مستقر ساخت و در واقع از آنان انتظار داشت تا در برابر ازبکان و گروههایی از ترکمن ها مانند سدی مقاوم و نفوذ ناپذیر باشند. بنابراین در سال 1020(ه.ق) شاه عباس صفوی در سفری که به مازندران و استراباد (گرگان فعلی) داشت دستور ساخت قلعه را برای جلوگیری از نفوذ ترکمنها صادر کرد و بدین ترتیب قلعه مزبور با نام  مبارک آباد احداث گردید .بنای اولیه قلعه مبارک آباد را منسوب به شاه طهماسب اول دانسته اند. که آنرا برای حفاظت استرآباد (گرگان کنونی) احداث نموده است . این قلعه بصورت دایره ای به ارتفاع 6متر بوده است و اکنون فقط آثاری از آن باقی مانده است . همچنین رودخانه ای که قلعه را به دو قسمت تقسیم می کند رود گرگان می باشد که با پلی محکم به یکدیگر ارتباط دارند. هم اکنون این پل بعنوان یکی از آثار باستانی نگهداری می شود.
 
در زمان قاجار(حدود 1000سال پیش) این دژ بنام اسپی دژ شناخته می شد. گذشت زمان و زندگی مشترک ، قاجارها و ترکمنها را به هم نزدیک کرد و باعث شد اسپی دژاز یک دژ نظامی به محلی برای اسکان و زندگی تبدیل گردد.
آق قلا در زمان ناصرالدین شاه آباد بود اما از این تاریخ به بعد با مهاجرت تدریجی قاجار آن دژمحکم به قلعه ای متروکه تبدیل شد . این قلعه دو دروازه آجری و دری آهنین و محکم داشت که یکی رو به شمال و دیگری رو به جنوب بود و در شرق و غرب قلعه نیز خندق هایی ساخته بودند. در قسمت غربی محوطه دژ ، عمارتی از آجر به طرز زیبا مشتمل بر سه طبقه ساخته بودند . که محل اقامت حسینعلی خان جان سوز ، برادر آقا محمد خان ، سر سلسله قاجار بود . در داخل قلعه و در چهار گوشه آن برجهای محکمی بود که بر هر کدام یک عراده توپ قرار داشت .
 
با به حکومت رسیدن رضاخان و همزمانی با سیاست تخت قاپو کردن ترکمنها بار دیگر نام این مکان تغییر یافت و در سال 1313 بنا به تصویب هیات وزیران در سال1314زمان حکومت پهلوی نام آن را به پهلوی دژ تغییر دادند و این در زمانی بود که دژهای نظامی قلعه شده بود.
شهرداری این شهردر سال 1332 تاسیس گردید. در سال 1358 پهلوی دژ به آق قلا (قلعه سفید) تغییر نام یافت.که امروزه آق قلا نام دارد.